海南省地质调查院于1999年8月从海南地质综合勘察院中抽调精干人员组建而成（海南地质综合勘察院成立于1953年，为全国地质勘查功勋单位），直属海南省地质矿产勘查开发局，为综合性地质事业单位，主要承担中央与地方财政出资的区域性、基础性、公益性地质调查和战略性矿产勘查工作，为国土资源管理提供业务基础支撑，为经济社会发展提供公益性服务。